Programmas pirmsākumi meklējami jau 1985. gadā, kad tās īstenošanu aizsāka Francijā. Kopš 1987. gada programmas darbība ir paplašinājusies, tajā iesaistoties virknei Eiropas valstu, šobrīd kopumā programmā ir iesaistījušās jau 50 pasaules valstis.
Latvija programmā iesaistījās 1998. gadā un var lepoties ar vadošo lomu Baltijas valstu starpā pēc sertifikāciju skaita.
Vairāk par Zilā Karoga programmas vēsturi uzzini šeit: